Em 11 de março de 2016 foi celebrado, entre a Infraestruturas de Portugal e o Estado Português, o Contrato Programa para o setor ferroviário, que define e regula os termos e condições da prestação pela Infraestruturas de Portugal das obrigações de serviço público de gestão da infraestrutura integrante da Rede Ferroviária Nacional (RFN), para o período compreendido entre 01/01/2016 e 31/12/2020, bem como das indemnizações compensatórias decorrentes a pagar pelo Estado Português. A 31 de dezembro de 2020 foi assinado um aditamento ao Contrato Programa, que prorrogou a vigência do mesmo por um período de seis meses (de 01/01/2021 a 30/06/2021), mantendo inalteradas as condições previstas.

A Resolução do Conselho de Ministros n.º 104/2021, de 29 de julho de 2021, aprovou a prorrogação da vigência do Contrato Programa, por mais seis meses, até 31 de dezembro de 2021. 

Atendendo à Resolução do Conselho de Ministros n.º 13/2022, de 27 de janeiro, foi celebrado o aditamento ao Contrato Programa que o prorroga por um período de seis meses (de 01/01/2022 a 30/06/2022).

A Resolução do Conselho de Ministros n.º 3/2024, de 5 de janeiro, aprovou a prorrogação da vigência do Contrato Programa, por mais dezoito meses, até 31 de dezembro de 2023. 

Em 20 de novembro de 2024 foi celebrado, entre a Infraestruturas de Portugal e o Estado Português, o Contrato Programa para o setor ferroviário, que define e regula os termos e condições da prestação pela Infraestruturas de Portugal das obrigações de serviço público de gestão da infraestrutura integrante da Rede Ferroviária Nacional (RFN), para o período compreendido entre 01/01/2024 e 31/12/2028, bem como das indemnizações compensatórias decorrentes a pagar pelo Estado Português.